Их ненавидели и боялись. Им приписывали сверхъестественные умения внезапно исчезать, передвигаться по гладким отвесным стенам, часами находиться под водой, или неподвижно висеть вниз головой, ходить по волнам, стенам и потолку, сбивать с толку преследователей, сражаться не щадя ни себя ни противника. Сложность операций ниндзя граничила с нереальным. Считается, что именно от них зачастую зависел исход битвы.

Тактика ниндзя основывалась на использовании фактора «невидимости», не случайно их называли воинами-невидимками. Глубокой ночью они появлялись там, где их никто не ждал, и стремились оставаться незамеченным до конца операции.

Ниндзя до сих пор остаются загадкой для исследователей, раскрыть которую сложно из-за отсутствия письменных источников. Известно, что сокровенные секреты ниндзя передавали из поколения в поколения в виде свитков. Если мастер не находил достойного наследника, то уничтожал все записи с описанием своего стиля, чтобы они не оказались в руках врагов. Именно поэтому информация об образе жизни и методах тренировок ниндзя является обрывочной.

Достоверных сведений о том, когда и где впервые появились воины-невидимки, нет. Предполагается, что ниндзюцу сложилась в систему к XI—XII векам. Первые же ниндзя появились в горах Кога и Ига в Японии. Это были, по разным версиям, изгнанники, воины, потерпевшие поражение в битвах, разбойники и даже пираты, скрывавшиеся от преследования властей.

Одна из легенд рассказывает, что первым ниндзя стал Икаи, который жил на территории современной Кореи в конце X или начале XI веков. Он оказался на стороне побежденных в сражении с королевскими войсками и был вынужден бежать в Японию. Икаи поселился в пещере в провинции Ига. Сохранились записи, где сказано, что Икаи был полководцем, хорошо владевшим методами разведки.

По другой версии ниндзюцу основал Фудзивара Тикадо — японский воин знатного рода, который поселился в пещере в Ига (интересно, что в обеих легендах речь идет об одной и той же пещере), выражая свой протест императору, отказавшему ему в придворном звании. 

Имеются сведения о существовании семидесяти трех школ ниндзюцу. Самыми древними и влиятельными из них были школы Ига рю и Кога рю. Эти школы пользовались поддержкой правительства — сёгунов Токугава.

Большинство из нас при слове «ниндзя» сразу представляет себе крадущегося в ночи страшного черного человека. Ниндзя всегда внушали ужас — их считали сверхъестественными существами, оборотнями, потомками горных демонов. Нередко ниндзя обвиняли в магии и колдовстве. На самом деле необыкновенные таланты и способности ниндзя были результатом упорных тренировок и хорошо продуманной системы подготовки, которая сильно отличалась от традиционно принятой в восточных боевых искусствах системы обучения и потому давала намного лучшие результаты. Учителями ниндзя были живущие в горах дикие монахи — ямабуси (горные воины). Именно у них ниндзя научились складывать пальцы в магические знаки, которым придавали большое значение (среди таких знаков была и хорошо знакомая нам «фига»). Это искусство называлось миккё.

Физическая подготовка ниндзя начиналась еще в младенчестве, причем пол ребенка не имел значения. Малыша раскачивали в люльке так сильно, что та ударялась о стену. Подобным образом будущего воина учили группироваться при ударах. Когда малыш начинал сидеть, на него катили мягкий, но довольно тяжелый шар. Отталкивая его, ребенок учился ставить блоки. В полгода малыша обучали плавать. В двухлетнем возрасте дети участвовали в играх, тренирующих быстроту реакции. Малышам делали специальный укрепляющий массаж и учили правильному дыханию. Чтобы ослабить болевую чувствительность, в массаже использовали сильные удары, болезненные щипки. Упражнения для суставов помогали маленьким ниндзя добиваться сверхъестественной гибкости и подвижности. Для закаливания организма дети в любую погоду обходились без одежды, часами сидели в холодной воде. Чтобы развить способность видеть в темноте, малышей регулярно отправляли в холодные мрачные пещеры.

С каждым днем дети выполняли все более сложные упражнения. Едва научившись ходить, для развития равновесия передвигались по бревнам. Позже вместо бревна использовали тонкую жердь и даже веревку. 

Особое внимание уделялось прыжкам. Дети лазали по деревьям, ловко перескакивая с ветки на ветку, прыгали через колючие кустарники, при помощи шестов перебирались через рвы. Для развития выносливости их подвешивали за руки на дереве на большой высоте, где они неподвижно висели около часа. В 10-летнем возрасте ребенок должен был пробегать не менее 20 километров в день. Чтобы определить, достаточно ли быстро бегает ребенок, на старте ему на грудь клали соломенную шляпу, которая не должна была упасть, прижатая встречным потоком воздуха.

При помощи специальных упражнений юные ниндзя развивали память, слух, обаяние и осязание. После одного прочтения ниндзя умели запоминать несколько страниц текста. Хороший слух помогал устанавливать местонахождения врага. В 15 летнем возрасте ниндзя становились полноправными членами клана.

Ниндзя полностью соблюдали принцип гармонии с природой. Многие ниндзя уходили в горы и жили там по несколько месяцев как отшельники. При этом опытные ниндзя советовали: «Для ниндзя важно уметь есть сыру пищу, более того, следует избегать есть приготовленную пищу. Когда люди едят приготовленную пищу, они теряют жизненную силу, энергию и шестое чувство. Мы способны есть продукты не приготовленными. Прежде всего нужна вода. Но вода для питья — еще не все. Нужно наполнить грудь свежим горным воздухом».

Ниндзя умели прекрасно использовать природные средства маскировки, знали свойства растений и умели добывать из них яды, изучали повадки животных и подражали их голосам. Птицы, летающие над лесом, указывали на вражескую засаду. Жужжание насекомых и кваканье лягушек говорило об отсутствии людей, а прекращение этих звуков означало проникновение врага. Ниндзя умели различать писк комаров, усиливающийся в присутствии человека. 

Животные использовались и для диверсий. Например, в подвалы вражеских домов запускали больших лягушек, громкое кваканье которых наводило на мысль о страшных чудовищах и злых духах. Применяли и «бактериологическое оружие», подбрасывая в осажденные крепости бешеных собак и других животных, специально зараженных опасными для человека болезнями. 

Маскировка на местности, а также использование огня и другие способы сигнализации тоже пришли от ниндзя. Ниндзя работали с зажигательными бомбами, умели создавать дымовые завесы, позволяющие незаметно скрыться.

Оружие и снаряжение ниндзя тщательно подбиралось и, как правило, было многофункциональным. Ниндзя применяли специальные «когти», надевавшиеся на руки и на ноги. Когти были и оружием и специальным средством, позволяющим карабкаться по стенам. Меч ниндзя носили не только на бедре, но и за спиной. В отличие от самурайского меча он был прямым, а длина лезвия не превышала 50-60 см. Достаточно длинная рукоятка (30-40 см), обтянутая кожей, позволяла работать как одной, так и двумя руками. Квадратная гарда была очень прочной, поэтому меч можно было использовать и как ступеньку при залезании на стену. Существовал и другой вид меча — без гарды и с более длинным лезвием (до 70 см), замаскированный под посох. Таким мечом пользовались ниндзя, которые выдавали себя за монахов.

Ножны меча тоже могли применяться для разных целей. Они были длиннее лезвия, поэтому свободное место употребляли для хранения мелких предметов. Наконечник ножен снимался и служил буравом, а также дротиком. Ножны без наконечника превращались в духовое ружье для метания отравленных игл или в трубку для дыхания под водой. Ножны использовали и в качестве дубины и для удлинения меча.

Отношение к ниндзя было неоднозначным, нередко образ воина-невидимки ассоциировался с безжалостным убийцей, презирающим всякие условности и нравственные принципы. Распространению подобных суждений способствовали люди, не имеющие ничего общего с ниндзюцу. Совершая разбойничьи набеги, они маскировались под ниндзя, использовали похожие костюмы и некоторые приемы. Кроме того, большой вред репутации ниндзюцу нанесли «недобросовестные» ниндзя. Не достигнув в своем деле мастерства, они были готовы ради денег оказать любую услугу, будь то предательство или убийство. Истинные ниндзя, по словам Такамацу, 33-го патриарха школы Токагурэ, должны «стремиться к соблюдению законов гуманизма». «Враг, нарушающий законы природы, проиграл сражение еще до его начала. Важнейший приоритет для ниндзя — победа без боя, надо всегда стремиться именно к такой победе, — считал великий мастер.

Настоящие ниндзя строго соблюдали правила, необходимые для получения благословения свыше. Согласно им, цель ниндзя — пробраться во вражеский стан и оценить обстановку. В зависимости от нее ниндзя начинают действовать, чтобы достичь победы. Ниндзя должны служить стране и правителю на основе духа справедливости. Ниндзюцу запрещается использовать для личной наживы, страсти, развлечения, магических действий. Тот, кто использует тайные знания вопреки запретам, приобретает оттенок колдовства и злых чар.

«Плохой ниндзя, использующий свое искусство в корыстных целях, исчезнет как обычный купец или глупый бандит», — считает мастер ниндзюцу Масааки Хацуми.

Одно из правил ниндзя гласит, что врага нельзя убивать, ибо плохой человек губит себя сам. Потому, по возможности, ниндзя старались избегать боя.

Из современных мастеров ниндзюцу наиболее известен Масааки Хацуми — 34-й ведущий мастер школы Тогакурэ-рю ниндзюцу, автор книг и видеокассет по истории и технике ниндзя. Он начал заниматься боевыми искусствами с раннего детства, чтобы спастись от тяжелой обстановки в семье и поменьше видеть пьяницу-отца. Хацуми посчастливилось встретить учителя Такамацу, который передал ему свои знания, убедившись в готовности ученика воспринять их. Необходимость с раннего детства постоянно контролировать свои действия дала Хацуми именно ту психологическую подготовку, которой обучали своих детей ниндзя. Сам мастер говорит, что получил жизненный опыт «в асфальтовых джунглях большого города».